El Seminario, más que un lugar es un ambiente, es el contexto en que se revive una vez más la experiencia de formación que Cristo ofreció a sus discípulos. Personas, estructuras, tiempos y espacios ofrecen los recursos necesarios para que paulatinamente quien ha sido llamado alcance una configuración cada vez más fiel con Cristo pastor.

El origen del Seminario de San Juan de los Lagos, se remonta al año de 1867, en el que es fundado por el P. Agustín Rodríguez. Su reconocimiento oficial es el 25 de octubre de 1903, en que el Sr. Arzobispo de Guadalajara D. José de Jesús Ortiz, lo instituye como Seminario Auxiliar de Guadalajara. Se ubica en el edificio que actualmente ocupa la presidencia municipal y llegó a reunir a 48 alumnos con Humanidades, Filosofía y Teología. Todo esto hasta el año de 1922.

En la época de la Revolución, el edificio es expropiado y el plantel pasa a ocupar la casa de la Tercera Orden.
Posteriormente sólo se imparten parte de los estudios de Humanidades.

Entre los alumnos más ilustres de esta primera época están San Pedro Esqueda de 1903 a 1908, Santo Toribio Romo de 1912 a 1920 y el Beato Lic. Anacleto González Flores de 1908 a 1910.

Es en este tiempo cuando el señor Cura Don Lino C. Martínez envía numerosos jóvenes vallenses al Seminario de San Juan y costea sus estudios. No porque los quería sacerdotes a todos, sino porque era el centro cultural superior más cercano, valioso y exigente.

Se ordenaron sacerdotes el P. Chemita (José María González Gutiérrez, de La Llave), el Señor Cura José de Jesús Reynoso, el P. Calixto Ibarra (El Salto), y el P. José Rentaría.
Fueron abogados: Bartolomé Álvarez Franco, Silvano Barba González y Gregorio González.
Fueron médicos: Cecilio Alvarez  Gutiérrez, Basilio Padilla Tejeda, Federico Barba González y Aristeo Fernández Ramírez.

Fueron maestros: Santiago Barba y Barba y José María González Padilla.

No siguieron estudiando: Eugenio Álvarez Gutiérrez, J. Carmen Rodríguez, Pablo Gallardo, J. Refugio y J. Isabel Álvarez Franco y Catarino Paredes González.

Por esos mismos tiempos se funda también en Lagos de Moreno un Seminario auxiliar, que funciona como Escuela Apostólica para nivelación. A pesar de que son tiempos difíciles, continúa realizando su tarea.

En la época del conflicto religioso, dicho Seminario funciona de forma clandestina en varias casas. Finalmente ocupa el convento de la Meced, anexo al templo del mismo nombre.
En 1959 se inaugura el nuevo edificio. Para el curso 66-67 comienza a funcionar como secundario y se instituye como Seminario Menor Auxiliar de Guadalajara.

Los siguientes párrocos envían a Guadalajara a los candidatos al sacerdocio, y al Seminario de Moctezuma que ofrece el Episcopado Norteamericano durante el conflicto religioso.

Entre los exalumnos del Seminario de San Juan (1947-1950) se encuentra el Señor Cura Roberto Casillas.

En el año de 1972, el Papa Pablo VI, con la Bula “Qui Omnium” erige la nueva Diócesis de San Juan de los Lagos y en el mismo documento pide que se funde el Seminario Diocesano. El primer Obispo Don Francisco Javier Nuño, apresura los trámites necesarios. Nombra primer rector al entonces párroco de Degollado, P. Gabriel Velásquez. El primero de septiembre del mismo año inicia el Seminario sus labores. Los alumnos de secundaria, en Lagos, asisten a clases al Instituto Laguense y los de preparatoria, en San Juan, al Colegio Miguel de Bolonia.

En el curso 1974-1975 se inician los cursos de Filosofía y al año siguiente el cuarto de Teología. El 3 de diciembre de 1974 se coloca la primera piedra del nuevo edificio que albergará al Seminario Mayor, mismo que será habitado a partir del 2 de enero de 1976. En septiembre del mismo año llega como nuevo rector el P. Raymundo Dávalos, quien estaría en este cargo hasta el 10 de febrero de 1978 en que nuevamente el P. Gabriel Velásquez asume la rectoría hasta el 1º de septiembre de 1982.

El 31 de agosto de 1981 se despide del Seminario el Sr. Obispo Francisco Javier Nuño Guerrero, pastor y fundador del Seminario Diocesano. Al partir deja una institución que va a superando las crisis naturales que habían acompañado su nacimiento.

El 4 de septiembre del mismo año inicia su ministerio episcopal en esta Diócesis alteña el Sr. Obispo José López Lara, quien se preocupa entre otras cosas por dar un generoso impulso a la organización de una pastoral orgánica. Durante sus años de formador en el Seminario de Morelia adquiere una notable sensibilidad por los problemas y desafíos que presenta la formación sacerdotal. Sus directrices siempre son claras y firmes. Su actitud firme, alegre y conciliadora abre para el Seminario nuevos caminos de renovación.

En los años 80 hay un buen número de seminaristas promovidos por el dinamismo del plan de pastoral y la promoción de los sacerdotes. Pero no prosiguen la carrera sacerdotal.

En 1977 llega el primer grupo de alumnos de Tuxtla Gutiérrez. De 1986 a 1988 vienen alumnos de Colima. En el curso 1987-1988 de Aguascalientes.

Con José López Lara nombra como tercer rector al P. Clemente Castañeda. En 1986 después de varias consultas decide suprimir la secundaria para favorecer a los adolescentes un desarrollo afectivo más integral cerca de su familia. A su muerte, el 25 de marzo de 1987, deja una profunda tristeza en el Seminario y en la Diócesis entera.

En su tiempo se ordena el Sr. Cura Ramón Pérez Mata (1983).
El 17 de marzo de 1988, llega el nuevo pastor Don José Trinidad Sepúlveda, con una amplia experiencia formativa en el Seminario de Guadalajara. Su trabajo pastoral está marcado por una serie de preocupación por consolidar el Seminario.

Con gran esmero, solicitud y firmeza orienta la formación integral del Seminario. Funda tres seminarios menores para jóvenes campesinos que en sus respectivas comunidades no podían cursar la secundaria. En Tepatitlán y Atotonilco (1989) y en Lagos de Moreno (1992).
Con apoyo moral y material, en 1995, la preparatoria de Lagos de Moreno comienza a funcionar con reconocimiento oficial, incorpora a la Universidad de Guadalajara con el nombre de “Francisco Orozco y Jiménez”.

En su tiempo se ordena el Señor Cura Tarcisio Martín (1991) y hay un nuevo florecimiento de seminaristas de Valle de Guadalupe. Algunos se ordenarían luego.

Por la imposición de manos fue constituido sacerdote el P. Alberto Guzmán (1999) y el P. Enrique Gómez (2000).

Hubo una gran floración de seminaristas, pues en 2002 había 13 alumnos de Valle de Guadalupe.
Ahora quedan en el Seminario: Andrés Gómez (4º teología), Juan Ignacio Pérez (3º teología), Jesús Lara (2º teología), Marco Antonio Díaz (servicio), Saúl Jiménez, Luis José Martínez, Enrique Casillas (Curso Introductorio), Mario Ruvalcaba (3º preparatoria). Y sólo 2 seminaristas en familia han perseverado.

Hoy los jóvenes que abren las puertas del Seminario, son hijos de su tiempo. Con los defectos que caracterizan nuestras épocas, pero también con grandes riquezas que habrá que potenciar llenos de esperanza. Es por ello que el Seminario fiel a la misión que la Iglesia le ha señalado, se renueva y consciente de los nuevos desafíos invita a todos, formadores y alumnos a emprender nuevamente este itinerario de fe que nos acerca a todos a un encuentro más cercano con Aquél que nos ha llamado.

El Seminario seguirá siendo el corazón de la Diócesis y la promesa de una pastoral vigorosa y fecunda en este tercer milenio, con el esfuerzo, la alegría y el amor del pueblo de Dios que pide por él.