En la nave, de la entrada del templo hacia el presbiterio, describiremos las pinturas murales:

- Primer espacio del lado sur: La conversión de los indios, de Felipe F. Gutiérrez, con la leyenda: "Aparece la Santísima Virgen de Guadalupe en el Tepeyac y los indios se convierten a millares a la verdadera fe". Fray Toribio de Motolonía y Fray Jerónimo de Mendieta nos narran en su historia el aumento asombroso de conversiones a partir del acontecimiento guadalupano. Al 7º aniversario había 8 millones de nuevos creyentes. Aun de pueblos enteros acudían a pedir el Bautismo. En un solo día hubo 15,000 bautismos, de suerte que tuvieron que sostener el brazo de los sacerdotes por el cansancio. En el plano superior está el cielo abierto, donde el Padre celestial envía a su Hijo en María a nuestra tierra de volcanes, que está en el plano inferior: la Iglesia peregrina. Al fondo y a la izquierda, religiosos, catequistas y fiscales impartiendo la debida catequesis; y al centro los sacerdotes bautizando.

- Segundo espacio del lado sur: El traslado a su hermita, del P. jesuita Gonzalo Carrasco (1900), y donada por Diego De la Concepción y Joseph Ferrer, con la leyenda: "Traslación del sagrado ayate a su primera ermita y primer milagro obrado por la Santísima Virgen de Guadalupe, 26 de diciembre de 1531". En el paraje de la última aparición, Juan Bernardino, Juan Diego y algunos vecinos construyeron la primera ermita, de adobe y vigas. El 26 de diciembre salió la larga procesión, en la cual participaron Fray Juan de Zumárraga, los eclesiásticos, Hernán Cortés y los soldados, el Arzobispo de Santo Domingo D. Sebastián Ramírez de Fuenleal, y varios indios, que danzaban y simulaban guerras; algunos iban en canoas por el Lago de Texcoco. En esos simulacros, una flecha se clavó en el cuello de un indio, al cual llevaron al pie de la Imagen y revivió, siendo el primer milagro público registrado históricamente.

- Primer espacio del lado norte: El juramento del patronato, del moreliense Félix Parra (+ 1919), con la leyenda: "La Santísima Virgen de Guadalupe es jurada patrona del Reino de Nueva España año de 1737". La peste del Matlazáhuatl ocasionó la muerte de más de 40,000 personas en México, y 190,000 en la Nueva España. El sábado 27 de abril de 1737, en la Capilla Real del Palacio de los Virreyes, el Arzobispo-Virrey D. Juan Antonio de Vizarrón y Equiarrieta, recibió de dos representantes del Venerable Cabildo Catedral y dos del Ilustre Ayuntamiento, el juramento por el cual declaraban a la Virgen de Guadalupe patrona principal de México, se obligaban a hacer guardar el 12 de diciembre como fiesta de precepto, y a pedir a Roma Misa y Oficio propios. El 25 de mayo se hizo una magna procesión de acción de gracias porque la peste había desaparecido. Hasta noviembre de 1746 llegaron los poderes para la Jura nacional, que sería promulgado el 12 de diciembre, pero por la muerte de Felipe V y la enfermedad del Arz. Vizarrón se anticipó al 4 en la Capilla del Palacio Arzobispal. Junto al arzobispo, el Deán de la Real Audiencia, para darle validez jurídica.

- Segundo espacio del lado norte: La coronación pontificia, anónima, composición fotográfica de Ramos sobre el boceto del P. Gonzalo Carrasco, con la leyenda: "Solemnísima Coronación Pontificia de la Santísima Virgen de Guadalupe en su ahora insigne y nacional Basílica del Tepeyac, 12 de octubre de 1895". El Cabildo de la Basílica de San Pedro en Roma concedió a Lorenzo Boturini el 15 de febrero de 1740 la licencia de coronación; pero fue detenido en prisión y espulsado por no tener permiso real. La coronación pudo hacerse hasta el 12 de octubre de 1895, una vez acabadas las obras de ampliación de la Colegiata. Próspero de Alarcón y de la Barquera, arzobispo de México, en representación del papa León XIII, acompañado del arzobispo de Michoacán, y de los obispos de Chilapa, Chihuahua, Colima, Cuernavaca, León, Querétaro, Saltillo, Tehuantepec, Tepic y Zacatecas, colocó la corona sobre el marco de la Virgen. Ese día se estrenó el Himno Guadalupano. Al final, el obispo franciscano José de Jesús Portugal invitó a depositar sus insignias episcopales a los pies de la Virgen, como Reina de las Américas y de la Patria.